La reserva protege áreas que presentan una topografía accidentada e inaccesible, por lo que son desconocidas para la mayoría de ecuatorianos. Incluso la mención de los nombres de sus ríos y cerros es poco familiar: Alto Bermejo, cerro Sur Pax o río Cuembí. El límite norte de la reserva, el río San Miguel, es a la vez el límite fronterizo con el vecino país de Colombia. La cuenca alta del río Bermejo, ahora dentro de esta área protegida, ha sido desde tiempos antiguos territorio ancestral de la nacionalidad Cofán. Por esta razón, sus miembros participan activamente con el Ministerio del Ambiente en el manejo y cuidado de la reserva.
Los bosques han sido parte del territorio ancestral del pueblo Cofán. Por ello, el área es administrada por el Ministerio del Ambiente en coordinación con la Federación Indígena de la Nacionalidad Cofán del Ecuador (FEINCE). Las actividades y programas son planificados conjuntamente y gran parte se ejecutan en conjunto con las comunidades locales, quienes todavía conservan sus costumbres y tradiciones ancestrales. La reserva está cubierta de un bosque tropical amazónico. En las partes que superan los 2.000 m de altitud, se encuentran especies como el romerillo y la cascarilla también hay mamíferos como el oso de anteojos, el venado colorado y el tapir de montaña. En el bosque tropical hay árboles muy grandes, algunos de más de 40 m de alto los más notables son el cedro, el chuncho, el copal, el guarango y el matapalo. Entre la fauna existen varias especies de monos como el aullador, el nocturno y él araña, así como otros mamíferos de hábitos arborícolas como el cusumbo y el tamandúa u oso hormiguero. Entre los carnívoros están el jaguar, el puma, el tigrillo y el escurridizo perro selvático.
Servicios y facilidades:
La única vía de acceso es la Interoceánica (troncal amazónica) que va desde Lago Agrio (Sucumbíos) a Tulcán (Carchi). En el Cantón Cascales, a una hora de Lago Agrio, hay una vía de quinto orden que llega a la comunidad shuar conocida como Taruka. Posteriormente, se inicia una caminata que dura entre seis a ocho horas hasta la entrada de la Reserva. Se recomienda el ingreso solo acompañado por guardaparques de la Reserva, puesto que existen registros de guerrilla colombiana en el área del ríos San Miguel y Bermejo. La comunidad de Alto Bermejo, constituida por pocas casas dispersas y cultivos a lo largo de la ribera sur del río Bermejo, posee una estación de investigación que se ubica en un pequeño claro rodeado de bosque primario y secundario y huertas vecinas. Alrededor de la comunidad, docenas de senderos cruzan el bosque, entre ellos:
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